近期，何川团队开发出一种名为超快速亚硫酸氢盐测序(UBS-seq)的技术，此技术克服了传统亚硫酸氢盐测序(BS-seq)在检测5-甲基胞嘧啶(5mC)方面的局限性。传统方法面临的挑战包括反应时间长、DNA损伤、5mC水平的高估以及某些DNA序列的不完全转化，UBS-seq直接解决了这些问题，使用高浓度亚硫酸盐试剂和升高的反应温度，将过程加快了约13倍。相关研究成果在Nature Biotechnology杂志发表，题为“Ultrafast bisulfite sequencing detection of 5-methylcytosine in DNA and RNA”。

图源：Ultrafast bisulfite sequencing detection of 5-methylcytosine in DNA and RNA

UBS-seq的亚硫酸氢盐加速反应减少了DNA损伤，并将背景噪声降至最低，比传统BS-seq方法有了显著改进。这种革命性的技术允许从少量纯化的基因组DNA构建库，甚至从具有挑战性的来源，如无细胞DNA或微小的细胞群，如1到100个小鼠胚胎干细胞。与传统方法相比，UBS-seq对5mC水平的高估较少，并且实现了更高的基因组覆盖率。UBS-seq扩展了其功能，即使从低mRNA输入也可以定量绘制RNA 5-甲基胞嘧啶(m5C)，从而能够在高度结构化的RNA序列中检测m5C化学计量学。将UBS-seq应用于mRNA显示NSUN2是主要的“写”蛋白，负责HeLa mRNA中约90%的m5C位点沉积。此外，它在哺乳动物mRNA的5 ' -区域突出了丰富的m5C位点，表明在mRNA翻译调节中可能具有功能作用。

UBS-seq的引入不仅解决了传统亚硫酸盐测序的局限性，而且将表观遗传分析推向了一个新时代。这种创新的方法有望解开DNA和RNA中复杂的表观遗传景观，对理解基因调控、疾病机制和潜在的治疗干预具有深远的意义。

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