随着新型基因编辑工具的不断发展，迫切需要一种通用方法来分析其脱靶效应。脱靶效应指基因编辑工具在目标基因以外的基因组区域引发非预期的变异，可能导致潜在的副作用和不良反应。因此，精准检测脱靶效应对于确保基因编辑的安全性和有效性至关重要。

研究团队开发了一种名为Tracking-seq的通用方法，可以原位识别脱靶效应。该方法适用于常见的基因编辑工具，包括Cas9、碱基编辑器和引导编辑器。通过追踪复制蛋白A（RPA）结合的单链DNA并随后构建链特异性文库，Tracking-seq方法具有以下特点：

- 低细胞输入需求：该方法对细胞数量的需求较低，适用于体外、离体和体内基因编辑。

- 灵敏且实用：提供了一种灵敏且实用的全基因组脱靶检测方法，适用于各种场景。

图源：Nature Biotechnology（2024），DOI: 10.1038/s41587-024-02307-y

主要发现

1. 脱靶效应的异质性：使用相同的引导RNA，Tracking-seq检测到了不同编辑工具和不同细胞类型之间的脱靶效应异质性。这表明在不同编辑工具和细胞类型中，脱靶效应的表现存在显著差异，强调了在原始系统中进行直接测量的必要性。

2. 工具和细胞类型间的差异：研究显示，不同的基因编辑工具（如Cas9、碱基编辑器和引导编辑器）以及不同的细胞类型在脱靶效应上的表现各不相同。这一发现为开发更精准和安全的基因编辑技术提供了重要参考。

Tracking-seq方法的开发和应用为基因编辑领域带来了重要突破。通过提供一种灵敏且通用的脱靶效应检测方法，研究人员和临床医生可以更好地评估和优化基因编辑工具的安全性和有效性。这有望推动基因编辑技术在医疗和生物研究中的广泛应用，并加速相关治疗方法的开发和应用。

未来的研究将进一步优化和扩展Tracking-seq方法，探索其在更多基因编辑工具和生物系统中的应用潜力。这将有助于全面了解脱靶效应的机制，并推动基因编辑技术的不断创新和进步。

总之，Tracking-seq方法的开发为基因编辑技术的安全性评估提供了强大工具，揭示了脱靶效应的复杂性和异质性，可能会为未来基因编辑技术的发展和应用带来深远影响。

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