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一篇研究展示了一种名为pseU-TRACE的新型技术,通过亚硫酸氢盐辅助和连接的qPCR扩增技术,实现了假尿苷(Ψ)在碱基分辨率上的特异性检测,为深入分析其分布和功能提供了全新手段。
迄今为止,科学家已经在RNA中鉴定出超过150种化学修饰,其中假尿苷是最常见的修饰之一。假尿苷在多种生物过程中扮演着关键角色,然而,精确的碱基分辨率检测方法对于深入研究其分布和功能至关重要。
图源:Nucleic Acids Research(2024),doi.org/10.1093/nar/gkae344
研究团队引入了一种名为pseU-TRACE的新方法,该方法基于以下原理:含有假尿苷的RNA在亚硫酸氢盐(BS)处理后的逆转录过程中会发生碱基删除,这使得两个与Ψ位点两侧cDNA序列互补的探针能够高效连接,并在后续的实时定量PCR(qPCR)中成功扩增,从而实现选择性和准确的假尿苷检测。
pseU-TRACE方法能够准确且敏感地检测28S、18S、5.8S以及mRNA中的多个已知假尿苷位点。该方法还可以用于测量RNA中假尿苷的分数,并探索不同假尿苷合成酶(PUSs)的假尿苷代谢,提供了对假尿苷功能的宝贵见解。
pseU-TRACE代表了一种可靠、高效且灵敏的假尿苷检测方法,为RNA修饰研究提供了新的工具。这一技术的突破,不仅为揭示假尿苷在生物过程中的作用提供了新途径,还为进一步研究RNA修饰在基因表达调控和细胞功能中的重要性开辟了新的方向。未来的研究应继续优化pseU-TRACE方法,并应用于更广泛的RNA修饰研究领域。这将有助于揭示假尿苷及其他RNA修饰在各种生物过程中的具体机制和功能,为生物医学研究和应用提供新的可能性。
此次研究通过开发pseU-TRACE技术,实现了对假尿苷的高效、特异性检测。这一突破为RNA修饰研究提供了新的工具和视角,预示着RNA修饰功能解析的新时代的到来。科学家们期待,随着更多相关研究的展开,假尿苷在基因表达和细胞功能中的重要角色将被进一步揭示。
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